Aula de Egresados de Ciencias NaturalesTutorial Avogadro

“Dibujando estructuras moleculares”

Sitio oficial:

http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page

Sitio en la colección 1 a 1 de Educ.ar:

http://escritoriodocentes.educ.ar/datos/cien_avogadro.html

La Pantalla:

La primera vez que abran Avogadro se presentará la siguiente pantalla

Menú desplegable

Herramientas

En la parte superior vemos……

Para cambiar el fondo de pantalla:

Ir al menú superior, la opción “Ver”Luego vamos a..Establecer el color de fondoHaciendo clic allí……

Apareceuna paletade colorespara elegir

ok

Elijo elcolor

Algunos ejemplos de colores de pantalla

En este caso, dibujé la Molécula de CH4, que tiene5 átomos y 4 enlaces covalentes simples.

En la parte superior podemos ver la información de depuración:

En la parte inferior se encuentran los ejes, paraacceder vamos a la opción “Ver” / “Mostrar ejes”

Pantalla:

Nueva vistaVamos a la opción“Ver”“Nueva vista”

Quedarán solapadas en la parte superior izquierda

Duplicar vistas:

Vamos a la opción “Ver”“Duplicar vistas”

Podemos ver dos vistas distintas de la molécula, en este caso tenemos el propeno, en el segundo dibujo se puede notar la unión covalente doble desde un mejor ángulo

También se puede apreciar como rotan los ejes de abajo

Herramienta dibujo: “El lápiz”

El lápiz es la herramienta que nos va a permitir dibujar átomos y enlazarlos para generar moléculas.

“Preferencias de herramientas”, nos muestra la configuración del dibujo

Si hacemos clic aquí….

Podemos elegir el átomo

Podemos elegir el tipo de enlace:•Simple•Doble•Triple

Si queda tildada coloca los hidrógenos automáticamente.

Si hacemos clic en “otro”, aparece la Tabla periódica de elementos químicos y podemos elegir otro elemento.

Con esta configuración voy a dibujar carbonos con enlaces covalentes simplesy los hidrógenos seajustan automáticamente.

Con el botón izquierdo genero átomos y luego arrastro con el mouse desdeuno de los átomos hacia el otro.

Etano

•Hacer clic para generar átomos.•Arrastrar para generar enlaces.

•Hacer clic para borrar átomos.

Botón izquierdo del mouse Botón derecho del mouse

Optimización de la geometría molecular

Vamos a “Extensiones”/Optimizar Geometría

Aparece este cartel Resultadofinal

Guardar mi producción:

Archivo/Exportar/Gráficos y lo vamos a guardar cómo imagen png

Archivo/Exportar/Gráficos vectoriales y lo vamos a guardar en formato pdf