31/05/2017 1 La aplicación de la epidemiologia molecular en la La aplicación de la epidemiologia molecular en la La aplicación de la epidemiologia molecular en la La aplicación de la epidemiologia molecular en la investigación de brotes y en el estudio de contactos de investigación de brotes y en el estudio de contactos de investigación de brotes y en el estudio de contactos de investigación de brotes y en el estudio de contactos de enfermedades transmisibles enfermedades transmisibles enfermedades transmisibles enfermedades transmisibles Joan A. Caylà Àngels Orcau Serv. de Epidemiología [email protected]@JoanCayla Unidad de Investigación en TB de BCN http://www.uitb,cat @TB_UITB GUIÓN: • - Transmisión nosocomial de VIH • - Brote de legionelosis • - Epidemiología molecular y ECC en TB, salmonelosis, hepatitis C y sarampión. • - Algunas asignaturas pendientes en España: - El gran brote de hepatitis A - ECC en TB • - Conclusiones y recomendaciones
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La aplicación de la epidemiologia molecular en la La aplicación de la epidemiologia molecular en la La aplicación de la epidemiologia molecular en la La aplicación de la epidemiologia molecular en la investigación de brotes y en el estudio de contactos de investigación de brotes y en el estudio de contactos de investigación de brotes y en el estudio de contactos de investigación de brotes y en el estudio de contactos de
enfermedades transmisiblesenfermedades transmisiblesenfermedades transmisiblesenfermedades transmisiblesJoan A. CaylàÀngels OrcauServ. de Epidemiologí[email protected]@JoanCayla
Unidad de Investigación en TB de BCN http://www.uitb,cat@TB_UITB
GUIÓN:
• - Transmisión nosocomial de VIH
• - Brote de legionelosis
• - Epidemiología molecular y ECC en TB, salmonelosis, hepatitis C y sarampión.
• - Algunas asignaturas pendientes en España:
- El gran brote de hepatitis A
- ECC en TB
• - Conclusiones y recomendaciones
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TRANSMISIÓN NOSOCOMIAL DEL VIH
� Un hospital notificó a SP una posible transmisión nosocomial del VIH:
� Se trataba de una señora atendida en el 2000 por un parto con cesárea. Presentó una infección urinaria de lenta resolución con fiebre y adenopatías.
� Se detecta infección por VIH => primoinfección VIH.
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� Se confirmó que el hijo no tenía infección VIH.
� El hospital conoce que el ginecólogo que atendió a esta paciente también está infectado por VIH.
� ¿Hay más casos?
� => el médico durante la cesárea habría transmitido el VIH a la paciente: identidad genética de los dos virus.
TRANSMISIÓN NOSOCOMIAL DEL VIH
� Se pudieron revisar 275 de 350 expuestas: todas fueron VIH(-).
� La prensa se hace amplio eco del problema…
� …una paciente infectada por el VIH y sin factores de riesgo conocidos, sospechaba que ella también habría estado contagiada en el parto con cesárea en otra clínica.
TRANSMISIÓN NOSOCOMIAL DEL VIH
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� Se investigó posibles relaciones pero ni el centro sanitario ni el equipo sanitario tenían relación con el caso investigado.
� De cualquier forma, se pidió al director de la clínica, la practica del VIH a los 4 sanitarios más relacionados con la cesárea comentada. Las 4 pruebas fueron negativas.
� El lunes 13/11/2000: el H. del Mar, comunica al Servicio de Epidemiología del Institut Municipal de Salut Pública, 5 casos de neumonía por L. pneumophila.
� Valoración preliminar tras las encuestas realizadas el mismo día: posible brote de legionelosis de origen comunitario en el barrio de la Barceloneta.
Primeras actuaciones
De forma inmediata inicio de:
� investigaciones epidemiológicas (encuestas)
� investigaciones ambientales (focos?)
� muestras para análisis microbiológicos (ambientales y humanas)
� comité técnico de seguimiento y comité de expertos
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Tasas de incidencia por secciones censalesEstudio tasas de ataque. Casos por 1000 habit.
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Distribución de los casos y torres de refrigeración identificadas e investigadas
Torres de refrigeración ExitusCaso
N= 47 casos (43 de la Barceloneta con 3 muertes y 4 casos de otras zonas)
Dia 39: Gel de PFGE-Sfil con cepas de L Pneumophila serogrupo 1Pontiac, Philadelfia o Allentown humanas y ambientales
Fuente: Dra. Carmen Pelaz; Laboratorio de Legionella. Centro Nacional
de Microbilogía, Instituto de Salud Carlos III. Madrid.
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Conclusiones
� Brote comunitario de legionelosis con afectación de 54 personas y una letalidad del 5,5%
� El resultado de las técnicas de epidemiología molecular, determinó la coincidencia entre una cepa de origen ambiental y 8 de origen humano
� Los datos microbiológicos apoyados en las hipótesis epidemiológicas y ambientales, certificaron la identificación del foco causal del brote (la torre más cercana al lugar de residencia de los casos)
Brote de TB en una comunidad Hindú en Ciutat Vella
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Resultado RFLP
La RFLP determinó que 5 cepas eran idénticas
Brote de 11 casos: los 5 con cultivo positivo y mismo patrón de RFLP, más los 6 con cultivo negativo.
(Epi molecular no puede aplicarse a todos los casos)
309 (86%) cases withcontact tracing done
252 (72 %) strainsgenotyped
892 TB cases detected in Barcelona(2003-2004)
360 (40%)TBP cases smear positive
348 (97%) with smear and culture positive
216
93
36
patients with contact tracing and genotype done
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type ofcluster
detected by CT
detected by ME
partialy detected by both total
2 cases 19 27 7 53
3 cases 5 7 2 14
4 cases 1 6 1 8
5 cases 0 1 3 4
7 cases 0 0 1 1
total 25(31%) 41(51%) 14(18%) 80
Caracteristics of patients who generated secondary cases
All patients (360) Adjusted OR CI 95%
Age between 20 and 50 y 2,3 1,2-4,4
To be born aboard 1,1 0,6-1,9
Diagnosis delay more than 88 days 1,4 0,8-4-8
Other variables included in the analysis without statistic significance: sex, living in inner city, homelessness, cavitations in chest radiology, diabetes,tabaquism, alcoholism, intravenous drug use, HIV infection, diagnosis in a TB center, previous treatment of TB.
Caracteristics of patients who generated secondary cases
All patients (360) Adjusted OR CI 95%
Age between 20 and 50 y 2,3 1,2-4,4
To be born aboard 1,1 0,6-1,9
Diagnosis delay more than 88 days 1,4 0,8-4-8
Other variables included in the analysis without statistic significance: sex, living in inner city, homelessness, cavitations in chest radiology, diabetes,tabaquism, alcoholism, intravenous drug use, HIV infection, diagnosis in a TB center, previous treatment of TB.
Autoctonous (247) Adjusted OR CI 95%
Age between 20 and 50 y 2,4 1,2-4,9
Diagnosis delay more than 88 days
1,9 1,02-3,7
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Cluster link Number (%)
Unknown 35(44)
Familial 32(40)
Neighbourhood 6(8)
Friends 5(6)
Work 1(1)
School 1(1)
Total 80
Fuente: CNE
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…pero las técnicas de RFLP son muy lentas…. �INNOVACIONES EN EPI MOLECULAR (II)
Secuenciación masiva del genoma:
- Permite la máxima discriminación, pero tarda semanas.
- A partir de la secuenciación masiva del genoma de un caso índice o de los casos de un brote, ya se ha impulsado la elaboración de una PCR específica que en pocos días permite determinar si otros casos tienen cepas relacionadas.
Organizar centros de referencia
Fuente: Martinez-Lirola, SEE 2016 y Garcia de Viedma, Enf Emerg 2017
Cole ST et al. Nature 1998
ALGUNAS ASIGNATURAS PENDIENTES EN ESPAÑA
I Debe mejorarse el ECC
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Hepatitis España
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� INNOVACIONES EN ECC
Hacerlos ! (en casi cualquier caso de TB u otras EDOs)
ECC: también identifica casos no detectados por epi molecular
CONCLUSIONES / RECOMENDACIONES:
-El ECC en diversas EDOs debe mejorarse:-para todas las EDO+ECC:
1 enfermera de SP / 100.000 habit. 1 epidemiólogo / 200.000 habit. -Agentes comunitarios de salud (BCN: 1 de Am latina, 1
Europa, 2 de Africa, 2 de Asia)
-Los estudios de epidemiologia molecular deben ser sistemáticos en alguna EDO. Pocos centros de referencia.
-Ambos tipos de estudios deben estar muy bien coordinados y deben compartir la información de forma rápida.
