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Capítulo 1. Sistemas para la creación de páginas web interactivas

CAPÍTULO 1.

Sistemas para la creación de páginas web interactivas Creación de un portal web Open Data: eS_MiData

Minerva Centeno Peña


Contenido

1. Introducción a Shiny ..................................................................................... 2

2. Otras plataformas para la creación de webs de datos abiertos ...................... 3

3. Shiny en la literatura científica ....................................................................... 6

4. Referencias bibliográficas ............................................................................ 18


1. Introducción a Shiny

En un contexto en el que se entremezcla la continua expansión de la informática

y la proliferación del llamado Big Data, no se ha tardado en dar pie a la aparición de

plataformas “satélite”, orientadas a la creación de aplicaciones web basadas en el

lenguaje y entorno de R, y en las que, por lo general, se libera al usuario de la necesidad

(inicial) de conocer otros lenguajes de programación como HTML, CSS o JavaScript.

Este es el caso de “Shiny”, una librería de código abierto para la implementación de

aplicaciones web presentada en 2012 dentro de las herramientas de Rstudio, y que ha

ido evolucionando de manera progresiva (Durán, Farré, & Solà, s. f.; Galeano, 2017).

La ventaja principal que ofrece Shiny es, que permite que usuarios con poca

experiencia en programación web, puedan generar aplicaciones en el entorno de R,

preocupándose sólo por la lógica de la aplicación. No obstante, se debe tener unos

conocimientos previos de programación en R (Freire, 2019).

Se trata de una aplicación dinámica, es decir, el usuario además de recibir

información a través de la web puede interactuar con ella. Shiny trabaja bajo la llamada

“programación reactiva”: incorpora componentes interactivos listos para recibir eventos.

Más concretamente, las aplicaciones "reaccionan" a las decisiones de los usuarios. De

esta forma, Shiny permite manipular los componentes de la aplicación sin manipular el

código (Gómez, Molina, Mulero, Nueda, & Pascual, s. f.).

Esa interacción se realiza a través de widgets, elementos gráficos que permiten

que el usuario se comunique con el sistema de información que está “detrás” de la web

(como cajas para introducir texto, listas de elementos, botones o iconos que representan

acciones, etc.). Se trata de sistemas de entrada-salida (input-output), cuyo

funcionamiento requiere necesariamente la formulación de una petición al servidor

(Fernández, Vizcaíno, & Hermida, s. f.).

Cada aplicación Shiny consta de los siguientes componentes o archivos:

1. Un archivo de texto (ui.R), que contendrá el código que permite la

visualización de widgets y demás elementos en la página web, así como el código que

controla el diseño y aspecto de la aplicación.

2. Un archivo de texto (server.R), que contendrá las instrucciones que

necesita el servidor para construir los distintos objetos que se muestran en la aplicación

web: tablas, gráficos, mapas, diagramas, etc.


3. Una carpeta (www) donde se alojan los archivos, imágenes, bases de

datos, etc. que se visualizarán en la aplicación o que se necesitan para crear los objetos.

Además, de entre muchas de las ventajas, Shiny destaca por: funcionar en

cualquier interfaz de R (la propia consola de R, Rgui para Windows o Mac, ESS, StatET,

RStudio, etc.); las aplicaciones presentan un estilo de interfaz basado en el framework

Bootstrap, lo cual le da un aspecto atractivo y actual; la comunicación entre el navegador

y el servidor, se realiza de manera rápida y eficiente por medio del paquete httpuv; el

usuario puede desarrollar cualquier tipo de widget; y las aplicaciones tienen fácil

accesibilidad ya que pueden abrirse en cualquier navegador desde un ordenador, tablet

o teléfono móvil (Gómez et al., s. f.).

Figura 1. Esquema interno de una aplicación Shiny

Fuente: elaboración propia

2. Otras plataformas para la creación de webs de datos abiertos

En los años 90, hubo una gran explosión en el desarrollo de aplicaciones creadas

bajo el marco de Java. En aquel entonces eran aplicaciones sencillas y fácilmente

accesibles. No obstante, la situación actual ha cambiado bastante. Bien es cierto que

Java se sigue empleando para el desarrollo de páginas webs de centenares de

empresas, pero otras tecnologías como JavaScript, CSS y HTML han ido en aumento

(Gonzalez, Lopez, Cobo, & Cortes, 2018).

Input

Output

ui.R server.R


Otros procesos, como la unión de HTML, CSS, PHP, SQL, Dreamweaver CS5,

etc., también se han utilizado para la creación de portales web (Abass, Olajide, &

Samuel, 2017).

Schneider, Heinze, Lederle, Weisser, & Bergh (2010) implementan un portal de

datos abiertos para el intercambio de datos médicos, con la combinación de las

tecnologías de Java, Java Server Pages (JSPs) y Java Servlets. Además, emplea la

base de datos relacional MySQL.

También hay quien ha comparado distintas tecnologías. Es el caso de Portela

(2016), quien para la creación de un portal web de datos medioambientales, crea y

compara diferentes versiones web. Empleando por un lado, Java y Oracle, y por otro

lado R, para el proceso de integración; mientras que para el proceso de implementación

de la interfaz gráfica realiza tres versiones: Java – Oracle – R, JavaScript, Java y R, y

R-Shiny. Las conclusiones de Portela son las siguientes:

(Portela, 2016)

Se ha investigado cómo realizar una implementación de una aplicación que

permita la implementación de una aplicación que permite aprovechar los

datasets en ten tiempo real relativos a datos medioambientales para facilitar la

facilitar la realización de análisis sobre los datos. Esta aplicación se ha

implementado usando la herramienta Open--Source R mediante su lenguaje de

programación. Se ha demostrado que con esta herramienta es posible elaborar

un proceso de integración así como también una interface gráfica de manera

bastante sencilla y con un rendimiento considerablemente bueno. (p. 69).

Además, las aplicaciones web de geoprocesamiento recientemente han ganado

impulso en la comunidad empresarial e investigadora. ESRI ArcGIS ha sido uno de los

pioneros en la prestación de servicios de mapas web en línea. Otras compañías como

Google han proporcionado sus interfaces de mapeo web que permiten a los

desarrolladores y usuarios mapear sus propias aplicaciones sobre los ya existentes

mapas de Google Earth. Sin embargo, las aplicaciones carecen de la complejidad que

necesitan las operaciones de geoprocesamiento. Con la llegada del lenguaje de

programación estadística de código abierto R, ha ganado popularidad entre la

comunidad de análisis espacial, sobre todo con la introducción del paquete "Shiny", que

permite a los programadores crear aplicaciones en línea. Es más, las técnicas de

interpolación utilizadas en la elaboración de mapas son en su mayoría métodos


cerrados, limitados a solo unas pocas opciones disponibles dentro del software. Por

ejemplo, los elementos de interpolación de ArcGIS no están disponibles para que los

usuarios los modifiquen. Sin embargo, R da libertad al usuario para acceder a

parámetros de bajo nivel que son necesarios para crear mapas precisos. (Jahanshiri &

Shariff, 2014).

A continuación se muestra una tabla resumen de algunas de las tecnologías más

empleadas en el desarrollo web.

Tabla 1. Cuadro resumen de las tecnologías más comunes para la creación de

páginas web

TECNOLOGÍAS

PARA EL

DISEÑO WEB

DESCRIPCIÓN

Java

Lenguaje de programación orientado a objetos diseñado para una fácil

implementación. Su código es ejecutado en una plataforma y corre en otra

sin ser recompilado.

JavaScript

Comúnmente JS, es un lenguaje de programación interpretado, dialecto del

estándar ECMAScript. También se define como orientado a objetos. Está

basado en prototipos.

R R es un entorno y lenguaje de programación desarrollado por RStudio, con

un enfoque claramente estadístico.

SQL Lenguaje estándar diseñado para acceder a bases de datos relacionales.

HTML

No es un lenguaje de programación, sino un lenguaje de marcado, es decir,

está formado por etiquetas y los nombres de las etiquetas están encerrados

entre paréntesis angulares.

CSS

Es un conjunto de reglas que permiten al usuario controlar la estética de la

página web. Define el formato: colores, imágenes de fondo, tipos de letra,

etc. El propósito básico de CSS es permitir al diseñador definir un estilo.

Dreamweaver

CS5

Dreamweaver es una aplicación de diseño y desarrollo web que proporciona

un editor WYSIWYG visual (conocido coloquialmente como la vista de

diseño) y un editor de código con características estándar tales como

resaltado de sintaxis, finalización de código y colapso de código, así como

características más sofisticadas como realismo.

Fuente: elaboración propia (adaptado de Abass et al., 2017)


3. Shiny en la literatura científica

World Of Science (WOS) es una plataforma que recoge las principales

referencias de las principales publicaciones científicas de disciplinas tecnológicas,

humanísticas y sociológicas, desde el año 1945. Mediante el filtrado correspondiente,

se han obtenido publicaciones en las que Shiny ha servido para la creación de páginas

web, docencia, visualización y análisis de datos, y automatización de procesos.

Shiny ha sido ampliamente utilizado en muchos estudios científico-tecnológicos.

En concreto, esta tecnología es de gran uso en papers de índole médica, como la

biotecnología. Este es el caso de trabajos como los de Badgeley et al., (2019); Brink,

Meskas, & Brinkman, (2018); Budczies et al., (2018); Choi & Ratner, (2019); Gu &

Mullighan, (2019); Lakshmanan et al., (2015); Matias et al., (20189; Ren & Kuan, (2019);

Seal & Wild, (2018); Sivaprakasam & Sadagopan, (2019); Su, Sun, Shimizu, & Kadota,

(2019); Varet & Coppee, (2019); Verity et al., (2017); Wang, Moya, Clements, Nelson, &

Batra, (2018); Wojciechowski, Hopkins, & Upton, (2015); Yu, Ouyang, & Yao, (2018);

Zhang et al., (2018). En todos ellos, se genera un algoritmo dentro del entorno de

programación en R; y a través de Shiny, se ofrece una visualización y análisis sencillo

del proceso en un entorno web interactivo y de fácil uso para usuarios con pocos

conocimientos en programación. El objetivo en esta área de conocimiento es la

automatización de procesos manuales mediante la programación de uno o varios

algoritmos en este entorno web. Algunas veces, además de crear una plataforma de

consulta y análisis de datos, también disponen widgets para la descarga de los mismos.

Puesto que R es un lenguaje de programación orientado a fines estadísticos,

muchos docentes han desarrollado métodos para facilitar y amenizar el aprendizaje a

los alumnos. Este es el caso de estudios como los de Gómez et al.,(2016).; Gonzalez

et al., (2018); Konrath et al., (2018) y Williams & Williams, (2018). Otros papers, también

utilizan Shiny para el desarrollo de procesos estadísticos puros, es decir, para la

automatización de procesos, unido a la visualización y análisis de datos. Este es el caso

de estudios como los de Freire, (2019); Hussain, Campbell, Walia, & Morota, (2018);

Maggio, Bhandari, & Sawilowsky, (2017).

Además de la creación de algoritmos y automatización de procesos, bien sea

para fines educativos o para facilitar procesos en laboratorio, se han desarrollado

portales web de datos abiertos, que ofrecen el aunamiento de diversas fuentes y bases

de datos, en un solo sitio, lo cual permite una mejor visualización y descarga de

información dentro de un solo entorno web. Este sería el objetivo de este proyecto web


eS-MiData. La bibliografía hace referencia a papers como los de Fernández et al.,

(2018); Galeano, (2017); y Portela, (2016).

Finalmente, hemos encontrado literatura en la que Shiny es una plataforma de

ayuda a la visualización, análisis y automatización de procesos agrícolas y

medioambientales. Este es el caso de artículos como los de Durán et al., (2017);

Jahanshiri & Shariff, (2014); y Ye, Chen, Huang, & Li, (2018).

Finalmente, añadir que tras este análisis y categorización de las fuentes

bibliográficas, a nivel regional se ha empleado Shiny mayormente para el desarrollo de

aplicaciones y visores para la docencia y la visualización de datos, además de para la

automatización de procesos en ámbitos sobre todo de la agricultura y el medio ambiente.

A continuación se muestra un cuadro-resumen de todas las publicaciones de

interés. Se especifican sus autores, título, año de publicación, nombre de la revista,

objetivos del artículo y conclusiones.


Tabla 2. Cuadro-resumen de la revisión bibliográfica

NOMBRE DE LOS AUTORES

AÑO

REVISTA

TÍTULO

OBJETIVOS DEL PAPER

CONCLUSIONES DEL PAPER

Abass et al. abr-17

Turkish Online Journal of Distance

Education

DEVELOPMENT OF WEB-BASED

EXAMINATION SYSTEM USING OPEN SOURCE PROGRAMMING

MODEL

El avance tecnológico en el campo de la informática ha requerido la necesidad de uso de la computadora en todas las áreas de la vida humana y los esfuerzos, la educación.

El sistema tiene el potencial de reducir drásticamente la mala práctica en el examen, ya que los solicitantes están debidamente autenticados en línea, y la integridad del resultado también podría mejorarse, ya que los candidatos tienen acceso instantáneo a la verificación de resultados.

Abella el al. mar-18 El profesional

de la información

INDICADORES DE CALIDAD DE DATOS ABIERTOS: EL CASO

DEL PORTAL DE DATOS ABIERTOS DE BARCELONA

Analizar cómo el modelo de cinco estrellas de Berners-Lee y otros factores ayudan a evaluar la calidad de los datos de cara a su reutilización en el portal de datos abiertos de Barcelona y analizar su relación con su descarga y sus temáticas.

Los resultados obtenidos muestran que puede ser interesante incorporar aspectos como la frecuencia de actualización de datos y la geolocalización en los modelos que miden la calidad de los datos abiertos para su reutilización.

Badgeley et al. oct-18 Bioinformatics

CANDI: AN R PACKAGE AND SHINY APP FOR

ANNOTATING RADIOGRAPHS AND

EVALUATING COMPUTER-AIDED

DIAGNOSIS

Desarrollo de una app (CANDI) de diagnóstico y notas asistidas que recopila datos de entrenamiento de clasificación. Facilita los ensayos clínicos en radiólogía.

CANDI tiene como objetivo facilitar la traducción de algoritmos CAD a imágenes médicas al facilitar la anotación de imagen de colaboración y la evaluación clínica aleatoria.

Brink et al. feb-18 Bioinformatics

"ddPCRclust: an R package and Shiny app for automated

analysis of multiplexed ddPCR data"

Mejorar el rendimiento en la tecnología PCR digital de gota (ddPCR), la cual sirve para cuantificar el ADN. Pero el análisis manual de los datos requiere mucho tiempo.

Desarrollo del paquete R "ddPCRclust" para el análisis automatizado de los sistemas de PCR digital de gotas de Bio-Rad (QX100 y QX200). Los resultados están a la par con el análisis manual, pero solo toma minutos para calcular en lugar de horas. La aplicación Shiny que acompaña a ddPCRvis proporciona fácil acceso a las


funcionalidades de ddPCRclust a través de una GUI basada en un navegador web.

Budczies et al. 2018 BCM

Bioinformatics

"Ioncopy: an R Shiny app to call copy

number alterations in targeted NGS data"

Integrar el análisis de mutación y la detección de CNA en un solo ensayo sería beneficioso tanto para el diagnóstico de rutina como para la investigación de biomarcadores.

Ioncopy es un método disponible de forma gratuita y fácil de usar para llamar a CNA desde datos NGS específicos. Facilita la llamada de CNA en tejidos de tumores con o sin el uso de controles de ADN normales (línea germinal).

Chiu et al. may-17 Bioinformatics

twoddpcr: an R/Bioconductor

package and Shiny app for Droplet Digital

PCR analysis

Automatizar la estimación simultánea de dos canales para la estimación y detección de moléculas mutantes para pacientes con cáncer.

El paquete de código abierto R "twoddpcr", utiliza las estadísticas de Poisson para estimar el número de moléculas en datos de ddPCR para dos canales simultáneamente. El paquete de Shiny permite que los usuarios pueden ajustar los parámetros y ver los resultados en tiempo real.

Choi y Ratner 2019 BMC Genomics

"iGEAK: an interactive gene expression analysis kit for

seamless workflow using the R/shiny

platform"

"Con las herramientas de análisis adecuadas, el proceso de análisis de expresión génica diferencial puede acelerarse significativamente. Muchos programas de código abierto proporcionan técnicas de vanguardia, pero a menudo requieren habilidades de programación."

"Desarrollo mediante Shiny de un kit de análisis interactivo de expresión génica, denominamos iGEAK, centrado en la usabilidad y interactividad. iGEAK está diseñado para ser intuitivo y liviano que contrasta con los programas de trabajo pesado."

Durán jun-17 Universidad

Autónoma de Barcelona

Aplicación web creada con shiny para el

análisis de la variabilidad de las

materias primas en la fabricación de piensos

Las implicaciones en cadena son complejas de analizar para después decidir como optimizar la eficiencia del proceso y garantizar unos estándares de calidad. En este sentido, los modelos estocásticos y la simulación proporcionan un marco apropiado para abordar el problema.

"El impacto positivo que podría ocasionar una optimización en las dietas del sector porcino es suficiente para plantear una automatización y modelización del método en el que se calculan estas dietas. Esta aplicación está un paso más cerca a este objetivo y los resultados se traducirían tanto monetaria como cualitativamente."

Fernández et al. 2018 Instituto Galego de Estadística

VISUALIZACIÓN DE LA INFORMACIÓN

ESTADÍSTICA

"1.- Diseñar productos adaptados al público actual, que demanda una web dinámica con

Se ha recurrido al software de código abierto R; en particular, a la librería Shiny, que permite crear aplicaciones web dinámicas, y


UTILIZANDO R-SHINY Y R-MARKDOWN

la que poder interactuar 2.- La necesidad de automatizar procesos y tareas repetitivas, como la elaboración periódica de informes. 3.- Buscar programas que permitan acercarse al diseño web a los estadísticos, sin necesidad de contar con un conocimiento profundo de los lenguajes de programación HTML, CSS o JavaScript."

al paquete Markdown, que facilita la elaboración e implementación de informes en múltiples formatos.

Freire 2019 Teaching Statistics

"Using Shiny to illustrate the probability

density function concept"

"La transición de la función de masa de probabilidad para variables aleatorias discretas a la función de densidad de probabilidad para variables aleatorias continuas no es sencilla. Así se crea una aplicación R Shiny para ayudar al proceso de aprendizaje."

"Shiny es un marco que facilita la creación de aplicaciones, ya que el desarrollador tiene que centrarse solo en la lógica de la aplicación y no tiene que preocuparse por el desarrollo. Aprender a usar Shiny no es difícil para quienes tienen alguna experiencia con R."

Galeano, Juan mar-17 Revista

Demográfica Histórica

Visualizando datos: R, Shiny y el cambio demográfico en

España a comienzos del siglo XXI

Se utiliza Shiny, un entorno para la implementación de aplicaciones web basadas en R, para la creación de un “data-playground” que permite, al público general y especializado, explorar, visualizar y descargar datos referidos a dicha transformación demográfica

"Este proyecto pone a disposición, de forma sistematizada, una ingente cantidad información relativa a la transformación demográfica acaecida en cada uno de los municipios de España como consecuencia del “boom” inmigratorio de comienzos del siglo XXI"

Gómez et al. ?

Universidad de Alicante -

Departamento de matemáticas

Aplicaciones diseñadas con Shiny: un recurso docente

para la enseñanza de la estadística

Fomentar e incentivar el conocimiento y estudio de la Estadística en los alumnos universitarios de ciencias sociales, con nuevas soluciones tecnológicas.

"Las aplicaciones creadas con Shiny permiten poner a disposición de los alumnos recursos docentes con los que afianzar la adquisición de los contenidos, no solo en clase sino también desde su propia casa. Las aplicaciones creadas también han


podido utilizarse por parte de los profesores en las clases presenciales."

González et al. feb-18 Wiley

Periodicals, Inc

"Assessing Shiny apps through student

feedback: Recommendations from a qualitative

study"

Dado que los applets de Java se están volviendo obsoletos, exploramos una tecnología diferente basada en R (actualmente un lenguaje estadístico popular) y Shiny, que es un marco web para desarrollar aplicaciones interactivas dentro del entorno R.

1. Diseñar una aplicación clara e intuitiva. Incorporar diferentes herramientas de entrada de datos y diferentes formas de visualizar los resultados. 2. Incluir al estudiante como agente activo en la aplicación. Evitar que el estudiante sea un observador pasivo con operaciones de rutina.

Gu y Mullighan jul-18 Bioinformatics

"ShinyCNV: a Shiny/R application to view and

annotate DNA copy number variations"

"Las variaciones en el número de copias somáticas (CNV) son importantes en la iniciación, progresión y recaída del cáncer. Sin embargo, los segmentos detectados de varios softwares de detección de CNV son a menudo falso positivo. Para garantizar resultados de alta calidad, se puede requerir una revisión manual. Se pretende crear una aplicación que ayude a los usuarios a identificar CNV confiables de manera sencilla e intuitiva."

"ShinyCNV está diseñado con un claro propósito para visualizar y anotar CNV para usuarios con experiencia limitada en programación. "

Hussain et al. oct-18 Plant Direct

Shiny-ShinyAIM: based application of

interactive Manhattan genome plots for longitudinal -wide

association studies

Shiny-ShinyAIM: aplicación basada en parcelas interactivas del genoma de Manhattan para estudios de asociación de longitud longitudinal

Desarrollo de una aplicación amigable para la integración, visualización e interpretación dinámica de los resultados longitudinales de GWAS.

Jahanshiri y Shariff

2014

IOP Conference Series: Earth

and Environmental

Science

"Developing web-based data analysis tools for precision

farming using R and Shiny"

Disponibilidad de nuevas interfaces de programación de aplicaciones que pueden proporcionar análisis de datos

Desarrollo de una aplicación web basada en el mapeo web para datos de agricultura de precisión. Debido a la variabilidad en el campo, es importante que los agricultores y


de prácticas agrícolas en tiempo real.

los administradores puedan ver los datos visualmente.

Konrath et al. mar-18 Abakos

"Desenvolvimento de Aplicativos Web Com R e Shiny: inovações

no ensino de Estatística"

Presentar, incentivar y proporcionar el uso de software que permita la realización de actividades más interactivas y dinámicas en comparación con el lápiz y papel. R contribuye a la democratización y mejora del proceso de enseñanza y aprendizaje de esta disciplina.

"Se cree que Shiny puede ser utilizado en el proceso de enseñanza y y en actividades de investigación."

Lakshmanan et al. sep-15 Bioinformation

"SynRio: R and Shiny based application

platform for cyanobacterial genome

analysis"

"El PCC 6803 se ha utilizado ampliamente en varios estudios genómicos y transcriptómicos durante muchos años. Se trata de representar este modelo de datos con una función de trazado simple que utiliza el lenguaje de programación R"

SynRio ayuda a visualizar el genoma de cianobacterias con anotaciones de datos de genes conocidos. También ayuda a realizar un análisis basado en genes o secuencias desarrollado mediante la programación R y el paquete Shiny.

Maggio et al. dic-17

"Journal of Modern Applied

Statistical Methods"

"A Web-based Shiny Application for

Conducting a Two Dependent Samples Maximum Test (R)

Data & Web Technologies"

Desarrollar una aplicación que calcule una nueva prueba máxima de dos muestras dependientes. La prueba máxima permite a los investigadores realizar tanto las muestras dependientes t-test y las pruebas de rangos con signo de Wilcoxon en los mismos datos sin planteando inquietudes asociadas con la inflación de errores de Tipo I y la elección de pruebas estadísticas.

"La prueba máxima se puede usar en lugar de la elección entre la prueba t de muestras dependientes y la WSR, donde ""las pruebas paramétricas clásicas y no paramétricas se pueden realizar de manera segura en los mismos datos, con el máximo de los dos se refirieron a la nueva tabla de valores críticos que están diseñados para mantener la tasa de error de Tipo I a α nominal, a la vez que garantizan la potencia máxima de las dos pruebas."

Matias et al. 2018 Crop Breeding

and Applied Biotechnology

"Be-Breeder: an R/Shiny application for

phenotypic data analyses in plant

breeding"

Para lograr con éxito el objetivo final de la selección de genotipos en los programas de fitomejoramiento, muchos aspectos deben considerarse y

Be-Breeder es una aplicación web disponible para el público que une una amplia gama de datos fenotípicos con una red de análisis experimentales hacia programas de fitomejoramiento. Integrado


pensarse cuidadosamente con respecto al coste, el tiempo y la eficiencia.

con varios paquetes R, Be-Breeder no requiere habilidades matemáticas o de programación avanzadas y proporciona una interfaz fácil de usar con una opción de consulta flexible que permite la exploración, visualización y exportación de productos.

Portella, Pavel jun-16 Universidad

Complutense de Madrid

"Integración y Visualización de Datos

Abiertos Medioambientales"

El objetivo principal de este trab a jo es un an á lisis comparativo de datos ambientales en bases de datos abiertas (Open Data) pertenecientes a distintos gobiernos. Debido a esta variedad de formatos, debemos construir un proceso de integración de datos que sea capaz de unir todos los tipos de formatos.

Se ha investigado cómo realizar una implementación de una aplicación que permite aprovechar los datasets en tiempo r eal relativos a datos medio ambientales para facilitar la realización de análisis sobre los datos. Esta aplicación se ha implementado usando la herramienta Open Source R mediante su lenguaje de programación. Se ha demostrado que con esta herramienta es posible elaborar un proceso de integración así como también una interfaz gráfica de manera bastante sencilla y con un rendimiento considerablemente bueno.

Reda y Carbonaro nov-18 GOODTECHS

'18

Design and Development of a

Linked Open Data-BasedWeb Portal for

Sharing IoT Health and Fitness Datasets

La heterogeneidad de los datos sigue siendo un problema abierto que debe abordarse para aprovechar al máximo el potencial de los datos del Internet de las Cosas.

Diseñamos y desarrollamos una plataforma web basada en datos enlazados, que es capaz de recopilar y recuperar datos de salud y estado físico de usuarios para que estén disponibles gratuitamente para la comunidad de investigadores.

Ren y Kuan oct-18 Bioinformatics

"methylGSA: a Bioconductor package and Shiny app for DNA methylation data length

bias adjustment in gene set testing"

Se requieren métodos que ajusten el número de CpG en lugar de la longitud del gen, así como métodos para FCS. Se introducen dos métodos, methylRRA y methylglm, para abordar estas limitaciones para los datos de metilación del ADN.

methylGSA, paquete de bioconductores para pruebas de conjuntos de genes en datos de metilación de ADN. La aplicación Shiny proporciona una forma interactiva de acceder a las funciones y visualizar los resultados en el paquete methylGSA.

Satheendran et al. dic-14

The International

Archives of the Photogrammetry

, Remote

DEVELOPMENT OF A WEB GEOSERVICES

PLATFORM FOR SCHOOL OF

Diseñar y desarrollar una aplicación GIS habilitada para la Web para la Escuela de Ciencias Ambientales de la Universidad Mahatma Gandhi,

"El sistema se ha desarrollado utilizando el marco javascript incorporado de GeoMOOSE para datos cartográficos distribuidos y MapServer para windows."


Sensing and Spatial

Information Sciences

ENVIRONMENTAL SCIENCES

Kottayam, Kerala, India, para publicar varias bases de datos geográficas al público a través de su sitio web.

Schneider et al. 2010

Proceedings of the Third

International Conference on

Health Informatics

DEVELOPMENT OF AN OPEN SOURCE WEB PORTAL FOR

THE EXCHANGE OF MEDICAL DATA

Desarrollar un portal web de teleradiología de código abierto, que permita una alternativa segura y simple a los clientes de correo electrónico de DICOM, para promover la expansión de la red regional de Teleradiología / Medicina de emergencia.

El portal web de la Red de Teleradiología / Medicina de Emergencia ofrece a los médicos generales y otros usuarios poco frecuentes dentro de la región metropolitana de Rhine-Neckar la posibilidad de utilizar las ventajas de esta red de forma gratuita y conectarse a todos los socios con un mínimo esfuerzo.

Seal y Wild 2018 BMC

Bioinformatics

Netpredictor: R and Shiny package to

perform drug-target network analysis and prediction of missing

links

Desarrollar un modelo predictivo basado en el uso de la identificación de asociaciones faltantes entre los fármacos y los objetivos de los mismos.

"Se presenta Netpredictor, una aplicación web independiente para la predicción de la interacción del objetivo del fármaco. Netpredictor utiliza un marco Shiny y se puede acceder a la aplicación desde los navegadores web."

Sivaprakasam y Sadagopan

jun-19

Interdisciplinary Sciences:

Computational Life Sciences

Development of an Interactive Web

Application “Shiny App for Frequency Analysis

on Homo sapiens Genome (SAFA-HsG)”

Solo si se tiene conocimiento sobre biología y ciencias de la computación puede acceder al análisis de frecuencia del genoma humano. En este contexto, no ha habido ninguna aplicación web disponible para permitir que especialistas con poco conocimiento informático conozcan el genoma de referencia humano.

La aplicación web SAFA-HsG (aplicación Shiny para el análisis de frecuencia en el genoma de Homo sapiens) está desarrollada para el análisis de frecuencia en nucleótidos como A, T, G, C, GC

Su et al. 2019 BCM

Bioinformatics

"TCC-GUI: a Shiny-based

application for differential expression analysis of RNA-Seq

count data"

Anteriormente, desarrollaron un paquete R / Bioconductor llamado TCC, cuya principal característica es que proporciona resultados precisos de expresión diferencial (DE). Sin embargo, debido a sus limitaciones de uso por parte de los usuarios que no pertenecen

"TCC-GUI es una aplicación para el análisis de DE de los datos de RNA-Seq. Permite a los usuarios que no conocen R, realizar el acceder al TCC sin instalación. Además de las funcionalidades implementadas originalmente en TCC, TCC-GUI proporciona muchas funciones de visualización interactiva. Las potentes funciones incorporadas también serían


a R, existe la necesidad de una alternativa para el análisis de DE por parte de TCC.

satisfactorias para usuarios con experiencia en R."

Varet y Coppée ago-18 Bioinformatics

"checkMyIndex: a web-based R/Shiny

interface for choosing compatible sequencing

indexes"

Cuando se secuencian varias bibliotecas de RNA and DNA simultáneamente, la selección de combinaciones compatibles de índices es fundamental para garantizar que el secuenciador pueda descifrar los códigos de barras cortos y específicos de la muestra que se agregan a cada fragmento. Sin embargo, los investigadores tienen pocas herramientas para ayudarlos a elegir índices óptimos.

"checkMyIndex es una aplicación web fácil de usar que facilita la búsqueda de índices compatibles en experimentos de secuenciación. Los resultados se devuelven rápidamente mediante el algoritmo subyacente y satisfacen las restricciones impuestas por el usuario. Además, la estructura del código R permitirá agregar nuevas funciones (por ejemplo, cuando se desarrollen nuevas químicas)."

Verity et al. 2017 Molecular Ecology

"A platform for the analysis and

visualization of multivariate results from genome scans

with R Shiny"

Existen software dedicados a calcular estadísticas, pero actualmente no existe una plataforma unificada para el filtrado, visualización e integración de estadísticas de prueba en el espacio multivariado.

"El paquete MINOTAUR está diseñado para complementar herramientas existentes para el análisis e integración del genoma. escanear datos"

Wang et al. abr-18 De Gruyter

"Mining human cancer datasets for kallikrein expression in cancer: the ‘KLK-CANMAP’

Shiny web tool"

La desregulación de las calicreínas de la familia de la serina-proteasa (KLK), que comprende 15 genes, se ha relacionado con el cáncer. Hay varias bases de datos disponibles pero estas plataformas presentan algunas limitaciones al comparar un conjunto específico de genes y pueden generar una cantidad considerable de datos no deseados.

Esta herramienta integra, analiza y visualiza datos. Utilizando KLK-CANMAP, se pueden generar diagramas de caja, mapas de calor y gráficos de Kaplan-Meier para los KLK de interés. Creemos que esta nueva herramienta web centrada en el cáncer KLK beneficiará a la comunidad KLK al reducir la visualización de los datos solo a los genes de interés.


Wang et al. 2018 ELSEVIER

"A prioritization-based analysis of local open

government data portals: A case study of Chinese province-level

governments"

Se requiere un enfoque que brinde orientación prioritaria a los gobiernos locales en el desarrollo de portales Open Government Data para la asignación efectiva de presupuesto y recursos.

Los usuariosvaloran más la alta calidad en lugar de tener una gran cantidad de datos para extraer conclusiones relativamente más precisas y de mayor valor. También notamos que el acceso abierto tiene la prioridad más alta, seguido del acceso en línea y el acceso fácil.

Williams y Williams

2017 Teaching

Statistics Trust

"Using an R shiny to enhance the learning

experience of confidence intervals"

A muchos estudiantes les resulta difícil comprender los intervalos de confianza, especialmente debido a la amalgama de conceptos tales como niveles de confianza, error estándar, estimaciones puntuales y tamaños de muestra.

Se crea una aplicación R Shiny para ayudar al proceso de aprendizaje de intervalos de confianza utilizando gráficos y datos de la Asociación Nacional de Basquetbol de EEUU.

Wojciechowski et al.

2015 CPT

Pharmacometrics

Interactive Pharmacometric

Applications Using R and the Shiny Package

"Los modelos de población han encontrado roles importantes en el desarrollo, la regulación y el uso óptimo de los productos farmacéuticos. Sin embargo, el proceso de hacer predicciones a partir de modelos poblacionales ha consumido mucho tiempo."

Se cree que aplicaciones como Shiny Web tienen el potencial de proporcionar un método conveniente a las simulaciones de modelos para una amplia audiencia, lo que puede ser útil tanto para los farmacometristas como para los que no lo son.

Ye et al. ago-18 Springer

International Publishing

"Developing Cloud-Based Tools for Water

Resources Data Analysis Using R and

Shiny"

" Hasta hace poco, el análisis de big data en un entorno en línea no ha sido una tarea fácil, especialmente para los consumidores de datos en el dominio de la conservación del agua. Además, no existe una herramienta única o una solución única para el procesamiento de grandes datos."

Las aplicaciones desarrolladas con paquetes como Shiny muestran que son un recurso valioso y práctico para personas con habilidades limitadas de desarrollo web y ofrecen oportunidades para una gestión más dinámica y colaborativa de los recursos hídricos.

Yu et al. nov-17 Bioinformatics ShinyCircos: An

R/Shiny application for

La visualización circular de datos genómicos con gráficos Circos ha sido ampliamente

Se presenta shinyCircos para la creación interactiva de Circos plot: un software de GUI desarrollado utilizando R y Shiny.


interactive creation of Circos plot

utilizado en diversos estudios. Sin embargo, su instalación y uso requieren conocimientos sobre la línea de comandos y los scripts Perl, que son difíciles para los usuarios que carecen de experiencias de programación.

Zhang et al. 2018 Springer

International Publishing

The development of population

pharmacokinetic model and a R shiny app for CSL689 in subjects with FVII deficiency

Desarrollo de una aplicación R Shiny, que genera y muestra los resultados de la simulación para varios escenarios de dosificación en tiempo real, lo que facilita una toma de decisiones más rápida y mejor informada.

La aplicación R Shiny creada, puede simular de manera eficiente la actividad de FVIIa en una población de sujetos de forma dinámica y en tiempo real. La dosis, la frecuencia, la población de pacientes, los parámetros de PK y la distribución del peso corporal se incluyeron como entradas fácilmente ajustables a la simulación.

Zu y Freeman nov-18

JOURNAL OF THE

ASSOCIATION FOR

INFORMATION SCIENCE AND TECHNOLOGY

"An Evaluation of U.S. Municipal Open Data

Portals: A User Interaction Framework"

A medida que se crea un número creciente de portales de datos de gobierno abierto (OGD), se necesita un método de evaluación para evaluar estos portales.

Los resultados muestran que estos portales funcionan bien en términos de proporcionar acceso, pero no tan bien en ayudar a los usuarios a que entienden y se involucran con los datos.

Fuente: elaboración propia


4. Referencias bibliográficas

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Sistemas para la creación de páginas web interactivas · Capítulo 1. Sistemas para la creación...

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