Soluciones para Q-PCR
MX3005P
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Soluciones para Q-PCR
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Stratagene
Innovación en Biología Molecular
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Influencias en la Q-PCR
Q-PCR
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Resultados
QPCR
Usuario
Instrumento Fuente luz y sistema detección
Configuración para
análisis Umbrales, linea base
Plástico y sellado
Muestras
Calidad de los ensayos
Reactivos
Introducción al MX3005P
Q-PCR
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Más de 12 años presentes en el equipamiento
de Q-PCR
Mayor flexibilidad posible: Configuración del
sistema óptico según necesidades
Excitación por lámpara halógena
Escaneo óptico: evita efecto en la posición
5 colores (Mx3005P™)
Sensibilidad en la medición (fotomultiplicador)
Almacenamiento de datos internos: Recuperación
datos si hay fallo en la corriente externa
Especificaciones MX3005P
Q-PCR
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Más posibilidades utilizando Multiplexing: Instrumento creado para su utilización para multiplexing
Mejora rendimiento tanto en un color o en experimentos
multiplex de Q-PCR
Opciones de medición flexible Tiene canal rojo (ROX) aunque no necesita Rox pasivo
Posibilidad de elegir filtros de excitación y emisión
Excelente uniformidad de temperatura en el bloque
Baja variación de temperatura de un pocillo a otro
5-plex data
50 copies
target DNA
Channels: Atto425, FAM,
HEX, TxRd, Cy5
Protein melting curve
SYPRO Orange (ex: FAM
em: ROX)
Optica
Q-PCR
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Lámpara halógena Rango espectral
350-750 nm
Filtros excitación Estrecho paso longitud
de onda(~10 nm)*
Fibra óptica y
Cabeza para escaneado
Filtros emisión Estrecho paso longitud
de onda (~10 nm)*
Fotomultiplicador Alta sensibilidad
Detección fluorescencia
350-700 nm
* Mx3005P™ allows free combination
of excitation- and emission filters
Desarrollado para las de la mejores resultados
incluso en amplicaciones multiplex
Óptica
Q-PCR
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tungsten
halogen lamp (350 – 750 nm)
PMT (350 – 700 nm)
350 nm 750 nm
Excitation Filter 10 nm Interference
Sets de filtros estándar elegidos para
una óptima separación de los colores
Sin contaminación cruzada en los
colores que habitualmente se utilizan
-500 0
500 1000 1500 2000 2500
3000
RFU
FAM HEX ROX Cy5
FAM HEX ROX Cy5
Q-PCR
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Alx350 FAM
TET HEX
JOE ROX Cy5 Cy3
TAM TxRd
Exitation range: 350 to 750 nm
Detected Emission range: 350 to 700 nm
Filtros estándar en Mx3005P®
Libertad de elección: Incluir los los filtros que más se ajusten a la aplicación
Atto425
Óptica
Q-PCR
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Escaneo en 4 segundos por
placa y color
El escaneo se da al final de
paso de temperatura
Características bloque
Q-PCR
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Mx3005P
• Uniformidad de la temperatura:
(+/- 0.25°C @ 72°C en todo el bloque).
• Sistema Peltier
• Rampa temperaturas: hasta 2.5°C/s
• Tapa calefactada
others
Variación de la Tm del amplicon Herrmann et al., Clin. Chem. 52 (2006) and 53 (2007)
Uniformidad
Q-PCR
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Test de uniformidad en placa de 96
Detección de SybrGreen I
Gracias a la combinación de la alta calidad óptica y diseño térmico
Tiene una baja variabilidad en la posición y alta uniformidad de los Cts
Flexibilidad
Q-PCR
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El diseño de los equipos MX permite el uso del equipo
incluso en aplicaciones no relacionadas con la PCR SybrGreen, Taqman, Molecular Beacon, Scorpion Probes
Cuantificación de Ácidos Nucléicos utilizando agentes intercalantes
Detección de actividad utilizando sustratos o proteínas fluorescentes (GFP)
Detección de proteínas utilizando anticuerpos marcados fluorescentemente
Investigación de estabilidad de proteínas y unión de ligandos (termofluorescencia)
Mol. Cell. Prot. 2008: Kazuta et al.
Frank Niesen @ CESG 2009
see also PNAS 103, 15835 (2006): Vedadi et al.
and Nat. Prot. 9, 2212 (2007): Niesen et al.
Software MX-Pro
Q-PCR
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Intuitivo
Q-PCR
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Setup Analysis
Workflows Depending on experiment type
Cuantificación Expresión génica
Análisis de la
curva de fusión Genotipado
Modo “proyecto”
Los experimentos se pueden
convertir posteriormente
para distintos tipos de análisis
Programación fácil y simple
Soluciones para Q-PCR
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Definición rápida de la posición del pocillo
Asignación fácil y simple de las concentraciones estándar Posibilidad de incorporar múltiples genes de referencia Almacenanamiento de los procedimientos rutinarios
Programación fácil y simple
Q-PCR
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Programación intuitiva de los pasos de la PCR
Posibilidad de programar perfiles complejos
(ej. Incrementos/reducción tiempo/temperatura)
Medición tantas veces se quiera y dónde se quiera
Revisar datos a tiempo real
Q-PCR
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Ver los datos crudos en tiempo real
Añadir ciclos o pausar carrera con un simple Click
Apagado automático de la lámpara al final del experimento
o por inactividad (alargar vida de la lámpara)
Característica de Análisis
Q-PCR
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Todas las características de análisis en un sólo software Configuración libre de los algoritmos automáticos para el cálculo de umbrales y corrección del ruido de fondo Corrección eficiente para un buen análisis de la cuantificación comparativa Análisis de los datos experimentales mientras se corre otro experimento
Característica de Análisis
Q-PCR
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Elección de la vista para los datos crudos a analizar Fácil exportación de gráficos y tablas Informes consolidados como documentos para seguimientos Análisis entre varios experimentos independientes con normalización entre ellos
Influencias en la Q-PCR
Q-PCR
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Resultados
QPCR
Usuario
Instrumento Fuente luz y sistema detección
Configuración para
análisis Umbrales, linea base
Plástico y sellado
Muestras
Calidad de los ensayos
Reactivos
Reactivos
Solución completa
Q-PCR
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Brilliant
Amplificación
Q-PCR
Purificación
ADN/ARN
Kit detección
Mycoplasmas Clonación
Kits mutagénesis Células
competentes Taq Polimerasas
Kits lisado
procariotas/eucariotas
Enzimas
modificación/
restricción
Agilent
Mirando hacia las nuevas tecnología
Q-PCR
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Q-PCR
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Validación ensayos Q-PCR
QPCR (validación microarrays
Estudios “downstream”) + Brilliant® reagents
Microarrays (expression, CGH, número de copia)
Cuantificación y Control de
calidad de ácidos nucléicos
Preparación de muestras Absolutely RNA®
SideStep™
Formas de trabajo: Combinando las fuerzas de 3 plataformas
Q-PCR
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Soluciones para Q-PCR
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