PRÁCTICA 1: BASES DE
DATOS MOLECULARE
S
BÚSQUEDA DEL GEN DE INTERÉS
Enfermedad monogénica
SÍNDROME DEL X FRAGIL
Ligado al cromosoma X Afecta a hombres y mujeres, aunque a éstas en
menor grado, ya que el 2º cromosoma X les protege Primera causa de deficiencia mental hereditaria Población normal: 6-54 repeticiones
55-200 pre-mutación Más 200 mutación completa
Hiperactividad, problemas atención, frente predominante, cara largada, bajo tono muscular, contacto visual escaso…
Algunas características…
SÍNDROME DEL X FRÁGIL Trastorno que ocasiona retraso mental Primera causa hereditaria de retraso
mental Defecto en el gen FMR1
Repetición de secuencia trinucleotídica (CGG)n
Cuanto mayor sea el número de repeticiones, más alteraciones patológicas
Más de 200 veces Se apaga el gen ENFERMEDAD!
PROCEDIMIENTO
PROCEDIMIENTO
PROCEDIMIENTO
PROCEDIMIENTO
Splicing Alternativo
•Polimorfismo•Al menos 12 isoformas•Secuencias “canónica”:Se toma como referencia para toda la información posicional
PROCEDIMIENTO>sp|Q06787|FMR1_HUMAN Fragile X mental retardation 1 protein OS=Homo sapiens GN=FMR1 PE=1 SV=1MEELVVEVRGSNGAFYKAFVKDVHEDSITVAFENNWQPDRQIPFHDVRFPPPVGYNKDINESDEVEVYSRANEKEPCCWWLAKVRMIKGEFYVIEYAACDATYNEIVTIERLRSVNPNKPATKDTFHKIKLDVPEDLRQMCAKEAAHKDFKKAVGAFSVTYDPENYQLVILSINEVTSKRAHMLIDMHFRSLRTKLSLIMRNEEASKQLESSRQLASRFHEQFIVREDLMGLAIGTHGANIQQARKVPGVTAIDLDEDTCTFHIYGEDQDAVKKARSFLEFAEDVIQVPRNLVGKVIGKNGKLIQEIVDKSGVVRVRIEAENEKNVPQEEEIMPPNSLPSNNSRVGPNAPEEKKHLDIKENSTHFSQPNSTKVQRVLVASSVVAGESQKPELKAWQGMVPFVFVGTKDSIANATVLLDYHLNYLKEVDQLRLERLQIDEQLRQIGASSRPPPNRTDKEKSYVTDDGQGMGRGSRPYRNRGHGRRGPGYTSGTNSEASNASETESDHRDELSDWSLAPTEEERESFLRRGDGRRRGGGGRGQGGRGRGGGFKGNDDHSRTDNRPRNPREAKGRTTDGSLQIRVDCNNERSVHTKTLQNTSSEGSRLRTGKDRNQKKEKPDSVDGQQPLVNGVP
PROCEDIMIENTO
PROCEDIMIENTO
PROCEDIMIENTO
PROCEDIMIENTO>gi|56270284:260-2020 Homo sapiens fragile X mental retardation 1, mRNA (cDNA clone MGC:87458 IMAGE:30347992), complete cdsATGGAGGAGCTGGTGGTGGAAGTGCGGGGCTCCAATGGCGCTTTCTACAAGGCATTTGTAAAGGATGTTCATGAAGATTCAATAACAGTTGCATTTGAAAACAACTGGCAGCCTGATAGGCAGATTCCATTTCATGATGTCAGATTCCCACCTCCTGTAGGTTATAATAAAGATATAAATGAAAGTGATGAAGTTGAGGTGTATTCCAGAGCAAATGAAAAAGAGCCTTGCTGTTGGTGGTTAGCTAAAGTGAGGATGATAAAGGGTGAGTTTTATGTGATAGAATATGCAGCATGTGATGCAACTTACAATGAAATTGTCACAATTGAACGTCTAAGATCTGTTAATCCCAACAAACCTGCCACAAAAGATACTTTCCATAAGATCAAGCTGGATGTGCCAGAAGACTTACGGCAAATGTGTGCCAAAGAGGCGGCACATAAGGATTTTAAAAAGGCAGTTGGTGCCTTTTCTGTAACTTATGATCCAGAAAATTATCAGCTTGTCATTTTGTCCATCAATGAAGTCACCTCAAAGCGAGCACATATGCTGATTGACATGCACTTTCGGAGTCTGCGCACTAAGTTGTCTCTGATAATGAGAAATGAAGAAGCTAGTAAGCAGCTGGAGAGTTCAAGGCAGCTTGCCTCGAGATTTCATGAACAGTTTATCGTAAGAGAAGATCTGATGGGTCTAGCTATTGGTACTCATGGTGCTAATATTCAGCAAGCTAGAAAAGTACCTGGGGTCACTGCTATTGATCTAGATGAAGATACCTGCACATTTCATATTTATGGAGAGGATCAGGATGCAGTGAAAAAAGCTAGAAGCTTTCTCGAATTTGCTGAAGATGTAATACAAGTTCCAAGGAACTTAGTAGGCAAAGTAATAGGAAAAAATGGAAAGCTGATTCAGGAGATTGTGGACAAGTCAGGAGTTGTGAGGGTGAGGATTGAGGCGAAAATGAGAAAAATGTTCCACAAGAAGAGGAAATTATGCCACCAAATTCCCTTCCTTCCAATAATTCAAGGGTTGGACCTAATGCCCCAGAAGAAAAAAAACATTTAGATATAAAGGAAAACAGCACCCATTTTTCTCAACCTAACAGTACAAAAGTCCAGAGGGGTATGGTACCATTTGTTTTTGTGGGAACAAAGGACAGCATCGCTAATGCCACTGTTCTTTTGGATTATCACCTGAACTATTTAAAGGAAGTAGACCAGTTGCGTTTGGAGAGATTACAAATTGATGAGCAGTTGCGACAGATTGGAGCTAGTTCTAGACCACCACCAAATCGTACAGATAAGGAAAAAAGCTATGTGACTGATGATGGTCAAGGAATGGGTCGAGGTAGTAGACCTTACAGAAATAGGGGGCACGGCAGACGCGGTCCTGGATATACTTCAGCTCCAACAGAGGAAGAGAGGGAGAGCTTCCTGCGCAGAGGAGACGGACGGCGGCGTGGAGGGGGAGGAAGAGGACAAGGAGGAAGAGGACGTGGAGGAGGCTTCAAAGGAAACGACGATCACTCCCGAACAGATAATCGTCCACGTAATCCAAGAGAGGCTAAAGGAAGAACAACAGATGGATCCCTTCAGATCAGAGTTGACTGCAATAATGAAAGGAGTGTCCACACTAAAACATTACAGAATACCTCCAGTGAAGGTAGTCGGCTGCGCACGGGTAAAGATCGTAACCAGAAGAAAGAGAAGCCAGACAGCGTGGATGGTCAGCAACCACTCGTGAATGGAGTACCCTAA
INFORMACIÓN DE LA PROTEÍNA
¿Proceso biológico?Proteína de transporte del mRNA diana
Se encuentra tanto en el núcleo como en el citoplasma
Metilaciones y fosforilaciones
ORGANISMOS
Homo sapiens Sumatra
noranguta
n
Musmusculus Xenopus
laevisDrosophila melanogasterZebrafis
h
SECUENCIAS PROTEICAS
>sp|P35922|FMR1_MOUSE Fragile X mental retardation protein 1 homolog OS=Mus musculus GN=Fmr1 PE=1 SV=1MEELVVEVRGSNGAFYKAFVKDVHEDSITVAFENNWQPERQIPFHDVRFPPPVGYNKDINDEVEVYSRANEKEPCCWWLAKVRMIKGEFYVIEYAACDATYNEIVTIERLRSVNPNKPATKDTHKIKLEVPEDLRQMCAKESAHKDFKKAVGAFSVTYDPENYQLVILSINEVTSKRAHMLIDMHFRSLRTKLSLILRNEEASKQLESSRQLASRFHEQFIVREDLMGLAIGTHGANIQQARKVPGVTAIDLDEDTCTFHIYGEDQDAVKKARSFLEFAEDVIQVPRNLVGKVIGKNGKLIQEIVDKSGVVRVRIEAENEKSVPQEEEIMPPSSLPSNNSRVGPNSSEEKKHLDTKENTHFSQPNSTKVQRVLVVSSIVAGGPQKPEPKAWQGMVPFVFVGTKDSIANATVLLDYHLNYLKEVDQLRLERLQIDEQLRQIGASSRPPPNRTDKEKGYVTDDGQGMGRGSRPYRNRGHGRRGPGYTSGTNSEASNASETESDHRDELSDWSLAPTEEERESFLRRGDGRRRRGGGRGQGGRGRGGGFKGNDDHSRTDNRPRNPREAKGRTADGSLQSASSEGSRLRTGKDRNQKKEKPDSVDGLQPLVNGVP
P35922
SECUENCIAS PROTEICAS
Q5R9134
>sp|Q5R9B4|FMR1_PONAB Fragile X mental retardation protein 1 homolog OS=Pongo abelii GN=FMR1 PE=2 SV=1 MEELVVEVRGSNGAFYKAFVKDVHEDSITVAFENNWQPDRQIPFHDVRFPPPVGYNKDINESDEVEVYSRANEKEPCCWWLAKVRMIKGEFYVIEYAACDATYNEIVTIERLRSVNPNKPATKDTFHKIKLDVPEDLRQMCAKESAHKDFKKAVGAFSVTYDPENYQLVILSINEVTSKR AHMLIDMHFRSLRTKLSLIMRNEEASKQLESSRQLASRFHEQFIVREDLMGLAIGTHGANIQQARKVPGVTAIDLDEDTCTFHIYGEDQDAVKKARSFLEFAEDVIQVPRNLVGKVIGKNGKLIQEIVDKSGVVRVRIEAENEKNVPQEEEIMPPNSLPSNNSRVGPNAPEEKKHLEIKENSTHFSQPNSTKVQRGMVPFVFVGTKDSIANATVLLDYHLNYLKEVDQLRLERLQIDEQLRQIGASSRPPPNRTDKEKSYVTDDGQGMGRGSRPYRNRGHGRRGPGYTSGTNSEASNASETESDHRDELSDWSLAPTEEERESFLRRGDGRRRGGGGRGQGGRGRGGGFEGNDDHSRTDN RPRNPREAKGRTTDGSLQNTSSEGNRLRTGKDRNRKKEKPDSVDGQQPLVNGVP
SECUENCIAS PROTEICAS>sp|Q2KHP9|FMR1B_XENLA Fragile X mental retardation protein 1 homolog B OS=Xenopus laevis GN=fmr1-b PE=2 SV=1MEELAVEVRGSNGAFYKAFVKDVHEDSITVTFENNWQQEKQIPFHDVRFPPPSGYNKDINESDEVEVYSRANEKEPCCWWLAKVRMIKGEFYVIEYAACDATYNEIVTIDRLRSVNPNKSATKNSFHKVKLDVPEDLRQMCAKDSAHKDFKKAVGAFSVSYDSENYQLVILSVNEVTIKRANMLCDMHFRSLRTKLSLMLRNEEASKQLESSRQLASRFHEQFIVREDLMGLAIGTHGANIQQARKVPGVTAIDLDEDTCTFHIYGEDQEAVKKARTYLEFAEDVIQVPRNLVGKVIGKNGKLIQEIVDKSGVVRVRIEAENDKNISQEEGNVPFVFVGTKDSITNATVLLDYHLNYLKEVDQLRLERLQIDEQLRQIGASSRPPSNRPDKEKGYLSEDCSGTVRGSRPYNNRGRSRRGTGYASGTNSEASNASETESDHRDELSDWSLAPAEDDRDNYHRRGDGRRRGGMRGQGMRGRGGFKGNDDQPRPDNRQRNSRETKARTSDGSLQIRIDCNNERSVHTKTLQNASVEGSRLRTGKDRIQKKEKTDGVDGPQVVVNGVP
Q2KHP9
SECUENCIAS PROTEICAS>sp|Q9NFU0|FMR1_DROME Fragile X mental retardation syndrome-related protein 1 OS=Drosophila melanogaster GN=Fmr1 PE=1 SV=1MEDLLVEVRLDNGAYYKGQVTAVADDGIFVDVDGVPESMKYPFVNVRLPPEETVEVAAPIFEEGMEVEVFTRTNDRETCGWWVGIIKMRKAEIYAVAYIGFETSYTEICELGRLRAKNSNPPITAKTFYQFTLPVPEELREEAQKDGIHKEFQRTIDAGVCNYSRDLDALIVISKFEHTQKRASMLKDMHFRNLSQKVMLLKRTEEAARQLETTKLMSRGNYVEEFRVRDDLMGLAIGSHGSNIQAARTVDGVTNIELEEKSCTFKISGETEESVQRARAMLEYAEEFFQVPRELVGKVIGKNGRIIQEIVDKSGVFRIKVSAIAGDDEQDQNIPRELAHVPFVFIGTVESIANAKVLLEYHLSHLKEVEQLRQEKMEIDQQLRAIQESSMGSTQSFPVTRRSERGYSSDIESVRSMRGGGGGQRGRVRGRGGGGPGGGNGLNQRYHNNRRDEDDYNSRGDHQRDQQRGYNDRGGGDNTGSYRGGGGGAGGPGNNRRGGINRRPPRNDQQNGRDYQHHNHTTEEVRETREMSSVERADSNSSYEGSSRRRRRQKNNNGPSNTNGAVANNNNKPQSAQQPQQQQPPAPGNKAALNAGDASKQNSGNANAAGGASKPKDASRNGDKQQAGTQQQQPSQVQQQQAAQQQQPKPRRNKNRSNNHTDQPSGQQQLAENVKKEGLVNGTS
Q9NFUOProteína de unión a RNA que se asocia al ribosoma en la traducción y actúa como regulador negativo en la traducción de determinados mRNA. Regula la estructura de fotorreceptores y neurotransmisión del ojo. Es necesario para la estabilidad de la pareja central de microtúbulos en el anoxema espermátide.
Procesos biológicos:• Silenciamiento mediado por mRNA• Transducción sensorial• Regulación traducción• Visión
Sólo se encuentra en el citoplasmaSólo sufre fosforilación
SECUENCIAS PROTEICAS
Q90YM8
>sp|Q90YM8|CYFP1_DANRE Cytoplasmic FMR1-interacting protein 1 homolog OS=Danio rerio GN=cyfip1 PE=2 SV=1 MASTVTLEDALSNVDLLEELPLPDQQPCIEPLPSSLIYQPNFNTNFEDRNAFVTGIARYIEQATVHSSMNDMLEEGQQYAVMLYTWRCCSRAIPQVKCNEQPNRVEIYEKTVEVLEPEVNKLMNFMYFQRTAIDRFCGEVRRLCHAERRKDFVSEAYLLTLGKFINMFAVLDELKNMKCSVKNDHSAYKRAAQFLRKMSEPSSIQESQNLSMFLANHNKITQSLQQQLEVINGYDELLADIVNLCVDYYENKMYLTPSERHMLLKVMGFGLYLMDGSNSNIYKLEAKKRINLTKIDKFFKQLQVVPLFGDMQIELARYIKTSAHYEENKSRWSCTSTGSSPQYNVCEQMIQIREGHMRFISELARYSNSEVVTGSGRQDAQKTDSEYRKLFDLALQGLQLLSQWSAQIMEVYSWKLVHPTDKYSNKECPDNAEEYERATRYNYTSEEKFALVEVLAMIKGLQVLMGRMESVFNHAIRHTIYSALQDFAQVTLREPLRQAIKKKKNVVQSVLQAIRKTVCDWETGREPHNDPALRGEKDPKGGFDIKVPRRAVGPSSTQLYMVRTMLESLVADKSGSKKTLRSSLEGPTILDIEKFHRESFFYTHLLNFSETLQQCCDLSQLWFREFFLELTMGRRIQFPIEMSMPWILTDHILETKEASMMEYVLYSLDLYNDSAHYALTKFKKQFLYDEIEAEVNLCFDQFVYKLADQIFAYYKVIAGSLLLDKRLRAECKNQGANISWPSSNRYETLLKQRHVQLLGRSIDLNRLITQRVSSALYKSL ELAISRFESEDLTSIMELEGLLDINRMTHKLLSKYLTLDSIDAMFREANHNVSAPYGRITLHVFWELNYDFLPNYCYNGSTNRFVRTILPFSQEFQRDKPPNAQPQYLYGSKALNLAYSSIYSLYRNFVGPPHIKAICRLLGYQGIAVVMEELLKVVKSLLQGTILQYVKTLMEVMPKICRLPRHEYGSPGILEFFHHQLKDIVEYAELKSVCFQNLREVGNALLFCLLTEQSLSQEEVCDLLHAAPFQNILPRVHVKEGERLDAKMKRLEAKYTALHLVPLIERLGTPQQIAIAREGDLLTKERLCCGLSIFEVILTRVRAYLDDPIWRGPLPSNGVMHVDECVEFHRLWSAMQFVYCIPVGAHEFTVEQCFGDGLNWAGCMIITLLGQHRRFDILDFSYHLLKVQKHDGKDEIIKSVPLKKMVDRIRKFQILNDEIFAILNKYLKSGDGENMPVEHVRCFQPPIHQSLASN
Participa en la formación de volantes de la membrana y salientes. Se una a la F-actina, pero no al RNA.
Procesos biológicos:• Diferenciación• Neurogénesis• Forma celular
Se encuentra sólo en el citoplasma
SECUENCIAS CDShttp://bioinfo-btg10-grupo02.wikispaces.com/PR%C3%81CTICA+1+B%C3%BAsqueda+de+secuencias
INFORMACIÓN ADICIONAL
El gen FMR1 no sólo está implicado en la enfermedad SXF, sino también en la insuficiencia ovárica prematura y el síndrome de temblor/ataxia asociado a X frágil