Date post: | 16-Oct-2015 |
Category: |
Documents |
Upload: | sharon-susanto |
View: | 21 times |
Download: | 0 times |
of 28
5/26/2018 presentasi kimor baru
1/28
Penyusun :
Ketua : Octaviana ( G1F011052)
Anggota :
Inas Ghausani ( G1F011012 )
Kharisma Aditya ( G1F011014 )
Sharon Susanto ( G1F011057 )
Aynita Kurniawan ( G1F011066 )
Preggi Salvezza ( G1F011073 )
5/26/2018 presentasi kimor baru
2/28
Struktur asam nukleat
5/26/2018 presentasi kimor baru
3/28
Asam nukleat adalah makromolekul dengan penyusunutama molekul
gula, masing-masing dilekati dengansebuah basa, yang ditautkan oleh gugus fosfat yangberperanan dalam penyimpanan serta pemindahaninformasi genetik (polinukleotida)
Asam nukleat ialah makromolekul seperti rantai linearyang pertama kali diisolasi dari inti sel.
Struktur keseluruhan dari asam nukleat sendiri ialahmakromolekul dengan penyusun utama molekul gula
yang dihubungkan dengan gugus fosfat dan sebuahbasa yang melekat pada setiap gula
5/26/2018 presentasi kimor baru
4/28
Gula pada asam
nukleat adalah ribosadan deoksiribosa.
Ribosa (b-furanosa)adalah gula pentosa(jumlah karbon 5).
51
234
GULA
5/26/2018 presentasi kimor baru
5/28
RIBOSA vs DEOKSIRIBOSA
Turunan penting dari
ribosa adalah 2-deoksiribosa, sering
hanya disebut
deoksiribosa, yang pada
karbon nomor 2 nya OHdigantikan oleh H.
Deoksiribosa ditemukan di
DNA (deoxyribonucleic
acid)
Ribosa ditemukan di RNA(ribonucleic acid).
DNA RNA
5/26/2018 presentasi kimor baru
6/28
PERHATIKAN
Ikatan gula ribosa dengan basa nitrogen (pada atom
karbon nomor 1).
Ikatan gula ribosa dengan gugus fosfat (pada atom
karbon nomor 5).
Gugus hidroksil pada atom karbon nomor 2
5/26/2018 presentasi kimor baru
7/28
BASA NITROGEN
Basa nitrogen berikatan dengan atom karbon
nomor 1 dari gula ribosa atau deoksiribosa.
Pirimidinberikatan ke gula ribosa pada atom N-1
dari struktur cincinnya.
Purin berikatan ke gula ribosa pada atom N-9dari
struktur cincinnya.
5/26/2018 presentasi kimor baru
8/28
BASA PIRIMIDIN DAN PURIN
Perhatikan struktur cincinnya
5/26/2018 presentasi kimor baru
9/28
BASA-BASA DALAM ASAM NUKLEAT
5/26/2018 presentasi kimor baru
10/28
GUGUS FOSFAT
Nukleosida(Gula Ribosa yang berikatan dengan
basa nitrogen) satu atau lebih gugus fosforil
disebut nukleotida.
5/26/2018 presentasi kimor baru
11/28
KERANGKA GULA-FOSFAT
Oleh karenanya kerangka dasar polinukleotida atau asam nukleat
tersusun atas residu fosfat dan ribosa yang berselang-seling.
Urutan basa dalam polinukleotida ditulis dari ujung yang memilikigugus fosfat di atom karbon nomor 5' ke ujung yang memiliki
gugus hidroksil di atom karbon nomor 3, atau biasa disebut ujung
5' ke 3': 5'-ATGCTAGC-3'
Perhatikan bahwa kerangka dasar polinukleotida memiliki muatan
negatif.
5/26/2018 presentasi kimor baru
12/28
ASAM NUKLEAT
Monomer nukleotida dapat berikatan satu
sama lain melalui ikatan fosfodiester
antara -OH di atom C nomor 3nya
dengan gugus fosfat dari nukleotida
berikutnya.
Kedua ujung poli- atau oligonukleotidayang dihasilkan menyisakan gugus
fosfat di atom karbon nomor 5'
nukleotida pertama dan gugus
hidroksil di atom karbon nomor 3'nukleotida terakhir.
5/26/2018 presentasi kimor baru
13/28
Asamnukleat
Gula
Nukleotida
(fosfat-gula-basaheterosiklik)
Nukleosida(gula basa)
H2O
enzim
H2
O
OH-
H2O
H+ H3PO4
Basaheterosiklik
5/26/2018 presentasi kimor baru
14/28
Sifat fisika-kimia asamnukleat
5/26/2018 presentasi kimor baru
15/28
Sifat-sifat
fisika-kimiaasam
nukleat
Stabilitasasam
nukleat
pengaruhalkali
denaturasi
kimia
pengaruhasam
viskositas
kerapatanapung
Stabilitas asamnukleat
5/26/2018 presentasi kimor baru
16/28
Stabilitas asam nukleat ditentukan oleh interaksi penempatan
(stacking interactions)antara pasangan-pasangan basa. Artinya,permukaan basa yang bersifat hidrofobik menyebabkan
molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasanganbasa sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat.
Ikatan hidrogen diantara pasangan bsa sama kuat denganikatan hidrogen antara basa dan molekul air. Jika DNA dalambentuk rantai tunggal asam nukleat, namun mempengaruhispesifisitas pasangan basa. Penentu stabilitas struktur asamnukleat adalah interaksi penempatan (straching interaction).Permukaan basa yang bersifat hidrofobik menyebabkanmolekul-molekul air dikeluarkan dari pasangan-pasangan basasehingga ikatan basa menjadi lebih kuat
Stabilitas asam nukleat
5/26/2018 presentasi kimor baru
17/28
Sifat-sifat
fisika-kimiaasam
nukleat
Stabilitasasam
nukleat
pengaruhalkali
denaturasi
kimia
pengaruhasam
viskositas
kerapatanapung
Pengaruh alkali
5/26/2018 presentasi kimor baru
18/28
Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan
terjadinya perubahan status tautomerikbasa. Sebagai contoh, peningkatan pH akan menyebabkan
perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadibentuk enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuahproton.
Selanjutnya, perubahan ini akan menyebabkanterputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada
akhirnya rantai ganda DNA mengalami denaturasi. Hal yang sama terjadi pula pada RNA. Bahkan pada pHnetral sekalipun, RNA jauh lebih rentan terhadaphidrolisis bila dibadingkan dengan DNA karena adanyagugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula ribosanya
Pengaruh alkali
5/26/2018 presentasi kimor baru
19/28
Sifat-sifat
fisika-kimiaasam
nukleat
Stabilitasasam
nukleat
pengaruhalkali
denaturasi
kimia
pengaruhasam
viskositas
kerapatanapung
Pengaruhasam
5/26/2018 presentasi kimor baru
20/28
Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnyaHClO4dengan suhu lebih dari 100C, asam nukleat
akan mengalami hidrolisis sempurna menjadikomponen-komponennya. Namun, di dalam asammineral yang lebih encer, hanya ikatan glikosidikantara gula dan basa purin saja yang putus sehingga
asam nukleat dikatakan bersifat apurinik
Pengaruh asam
5/26/2018 presentasi kimor baru
21/28
Sifat-sifat
fisika-kimiaasam
nukleat
Stabilitasasam
nukleat
pengaruhalkali
denaturasi
kimia
pengaruhasam
viskositas
kerapatanapung
Denatura
si kimia
5/26/2018 presentasi kimor baru
22/28
Sejumlah bahan kimia diketahui dapatmenyebabkan denaturasi asam nukleat pada pH
netral.Contoh yang paling dikenal adalah urea(CO(NH2)2) dan formamid (COHNH2). Padakonsentrasi yang relatif tinggi, senyawa-senyawa tersebut dapat merusak ikatan
hidrogen. Artinya, stabilitas struktur sekunderasam nukleat menjadi berkurang dan rantaiganda mengalami denaturasi.
Pengaruh bahan kimia
5/26/2018 presentasi kimor baru
23/28
Sifat-sifat
fisika-kimiaasam
nukleat
Stabilitasasam
nukleat
pengaruhalkali
denaturasi
kimia
pengaruhasam
viskositas
kerapatanapung
viskosit
as
5/26/2018 presentasi kimor baru
24/28
Molekul DNA sangat rentan terhadap fragmentasi
fisik karena relatif kaku sehingga larutan DNAmempunyai viskositas yang tinggi
Viskositas
5/26/2018 presentasi kimor baru
25/28
Sifat-sifat
fisika-kimiaasam
nukleat
Stabilitasasam
nukleat
pengaruhalkali
denaturasi
kimia
pengaruhasam
viskositas
kerapatanapung
Kerapatan apung
5/26/2018 presentasi kimor baru
26/28
Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan
kerapatan apung (bouyant density)-nya. Jika larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat
tinggi, maka garam CsCl yang pekat akan bermigrasi ke dasartabung dengan membentuk gradien kerapatan. Begitu juga,sampel DNA akan bermigrasi menuju posisi gradien yangsesuai dengan kerapatannya.
Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi seimbang dalamtingkat kerapatan (equilibrium density gradient centrifugation)
atausentrifugasi isopiknik
. Dengan teknik sentrifugasi tersebut DNA, RNA, dan protein
akan terpisah.
Pelet RNA akan berada di dasar tabung dan protein akanmengapung sehingga DNA dapat dimurnikan, baik dari RNAmaupun protein.
Kerapatan apung
5/26/2018 presentasi kimor baru
27/28
Selain itu, teknik tersebut juga berguna untuk
keperluan analisis DNA karena kerapatan apung
DNA () merupakan fungsi linier bagi kandunganGC-nya.
5/26/2018 presentasi kimor baru
28/28
Asam nukleat ada ikatan hidrogen bentuknya kygmana?
Stabilitas dengan ikatan hidrogen
pertanyaan